Pada pagi 1 Oktober 1965, sebilangan daripada pengawal Sukarno yang paling rapat menculik dan membunuh enam orang jeneral anti komunis. Dari tujuh orang jeneral yang menjadi sasaran, orang tunggal yang selamat ialah Jeneral Abdul Harris Nasution. Krisis ini mencetuskan tindakan keras terhadap parti komunis dan sehingga setengah juta orang "komunis yang disyaki" (kebanyakannya petani) dibunuh dalam panik anti komunis itu. Genggaman kuasa Sukarno diperlemah oleh krisis ini dan akhirnya, Leftenan Jeneral Suharto yang pro-Amerika memaksakan beliau menyerahkan kuasa eksekutifnya pada 11 Mac 1966. Terdapat banyak tekaan tentang siapa yang mencetuskan krisis yang menyebabkan penggulingan Sukarno. Ada yang mendakwa bahawa PKI mengarahkan pembunuhan keenam-enam jeneral itu, ada yang mengatakan Sukarno sendiri berbuat demikian, dan ada yang berpendapat bahawa Suharto yang merancangkan pembunuhan itu untuk menghapuskan pesaing-pesaing yang berpotensi untuk jawatan presiden. Terdapat juga dakwaan bahawa Sukarno digulingkan oleh Amerika Syarikat disebabkan nasionalisme dan dasar berkecualinya.

Ketua Umum Suharto, komandan pasukan rizab strategik Angkatan Darat, menguasai tentera pada keesokan harinya.[42] Suharto memerintahkan tentera untuk mengambil alih stesen radio Radio Republik Indonesia dan Dataran Merdeka itu sendiri. Pada petang hari itu, Suharto mengeluarkan ultimatum ke Pangkalan Tentera Udara Halim, di mana G30S telah mendasarkan diri mereka sendiri dan di mana Sukarno (sebab-sebab kehadirannya tidak jelas dan tertakluk kepada tuntutan dan tuntutan balas), Marsyal Udara Omar Dhani, dan pengerusi PKI Aidit telah berkumpul. Menjelang hari berikutnya, jelas bahawa rampasan yang teratur dan tidak teratur yang tidak teratur telah gagal. Sukarno menetap di Istana Bogor, sementara Omar Dhani melarikan diri ke Jawa Timur dan Aidit ke Jawa Tengah.[43] Menjelang 2 Oktober, askar-askar Suharto menduduki Pangkalan Angkatan Udara Halim, selepas tembak-menembak dalam jangka pendek. Kepatuhan Soekarno terhadap ultimatum Suharto pada 1 Oktober untuk meninggalkan Halim dilihat sebagai mengubah semua hubungan kekuasaan.[44] Keseimbangan kuasa rapuh Sukarno antara tentera, politik Islam, komunis, dan nasionalis yang mendasari "Demokrasi Terpimpin" beliau kini runtuh.[43] Pada 3 Oktober, mayat jeneral-jeneral yang diculik ditemui di Pangkalan Tentera Udara Halim, dan pada 5 Oktober mereka dikebumikan dalam upacara umum yang dipimpin oleh Suharto.

Pada awal Oktober 1965, sebuah kempen propaganda tentera mula menyapu negara, berjaya meyakinkan penonton Indonesia dan antarabangsa bahawa ia adalah rampasan kuasa Komunis, dan pembunuhan itu adalah kekejaman yang menakutkan terhadap wira Indonesia sejak mereka yang ditembak adalah pegawai tentera veteran.[45] Penafian penglibatan PKI tidak banyak memberi kesan.[46] Berikutan penemuan dan pengebumian umum mayat jeneral pada 5 Oktober, tentera bersama-sama dengan organisasi Islam Muhammadiyah dan Nahdlatul Ulama, mengetuai kempen untuk membersihkan masyarakat Indonesia, kerajaan dan angkatan bersenjata parti komunis dan organisasi kiri yang lain. Anggota PKI yang dipimpin segera ditahan, beberapa yang disempurnakan. Aidit ditangkap dan dibunuh pada November 1965.[45] Pembersihan itu tersebar di seluruh negara dengan pembunuhan yang paling parah di Jawa dan Bali.[46] Di beberapa kawasan, tentera menganjurkan kumpulan awam dan militia tempatan, di kawasan lain tindakan perkauman komunal mendahului tentera.[47] Anggaran yang paling banyak diterima ialah sekurang-kurangnya setengah juta terbunuh.[48] Ia diketahui bahawa sebanyak 1.5 juta telah dipenjarakan pada satu peringkat atau yang lain.[49]

Sebagai hasil pembersihan, salah satu daripada tiga pilar sokongan Sukarno, Parti Komunis Indonesia, telah dihapuskan dengan berkesan oleh dua yang lain, tentera dan politik Islam. Pembunuhan dan kegagalan "revolusi" Sukarno dan beliau cuba tidak berjaya untuk melindungi PKI dengan merujuk kepada pembunuhan jeneral sebagai rimpeltje dalam de oceaan ("riak di laut revolusi"). Beliau cuba mengekalkan pengaruhnya yang menarik pada siaran Januari 1966 untuk negara itu mengikutinya. Subandrio berusaha mewujudkan kolum Sukarnois (Barisan Sukarno), yang telah menjejaskan kesetiaan Suharto terhadap Sukarno dan arahan serentak bagi semua yang setia kepada Sukarno untuk mengumumkan sokongan mereka terhadap tentera.[50]

Pada 1 Oktober 1965, Sukarno melantik Jeneral Pranoto Reksosamudro sebagai Panglima Angkatan Darat untuk menggantikan Ahmad Yani, namun dia terpaksa menyerahkan jabatan ini kepada Suharto dua minggu kemudian. Pada Februari 1966, Sukarno merombak kabinetnya, memecat Nasution sebagai Menteri Pertahanan dan memansuhkan jawatannya sebagai ketua staf angkatan bersenjata, namun Nasution menolak. Pada Januari 1966, mahasiswa mula membuat perhimpunan menentang Sukarno, menuntut pembubaran PKI dan pemerintah mengendalikan kadar inflasi yang melonjak. Pada Februari 1966, demonstrasi mahasiswa di depan Istana Merdeka ditembak oleh Pengawal Presiden, membunuh murid Arief Rachman Hakim, yang dengan cepat berubah menjadi mati syahid oleh para demonstran mahasiswa.

Perjumpaan kabinet penuh Sukarno diadakan di Istana Merdeka pada 11 Mac 1966. Ketika para pelajar menunjukkan demonstrasi terhadap pentadbiran, tentera yang tidak dikenali telah mula berkumpul di luar. Sukarno, Subandrio dan menteri lain segera meninggalkan mesyuarat dan pergi ke Istana Bogor dengan helikopter. Tiga jeneral pro-Suharto (Basuki Rahmat, Amirmachmud, dan Mohammad Jusuf) dihantar ke istana Bogor dan mereka bertemu dengan Sukarno yang menandatangani bagi mereka Perintah Presiden yang dikenal sebagai Supersemar. Melalui perintah itu, Sukarno memberi Suharto "mengambil semua langkah yang dianggap perlu untuk menjamin keamanan, ketenangan dan kestabilan pemerintah dan revolusi dan menjamin keselamatan dan kewibawaan pribadi [dari Sukarno]". Penulisan dokumen itu, dan apakah Sukarno dipaksa untuk menandatangani, mungkin juga dengan senjata, merupakan titik perdebatan bersejarah. Walau bagaimanapun, kesan perintah itu adalah pemindahan kuasa kepada Suharto. Selepas mendapat Perintah Presiden, Suharto mempunyai PKI yang diisytiharkan secara haram dan parti itu dimansuhkan. Beliau juga menahan banyak pegawai tinggi yang setia kepada Sukarno atas tuduhan menjadi anggota PKI dan/atau simpatisan, yang selanjutnya mengurangkan kekuatan dan pengaruh politik Sukarno.

Majlis Musyawarah Rakyat, kini dipulihkan dari komunis dan elemen pro-Sukarno, mula membuat prosiding untuk menepis Sukarno:

1. Toleransi Gerakan 30 September dan pelanggaran perlembagaan dengan menyokong agenda komunis PKI antarabangsa
2. Pengabaian ekonomi.
3. Menggalakkan "kemusnahan moral" kebangsaan oleh tingkah laku wanita terang-terangan Sukarno..[51]

Pada 22 Jun 1966, Sukarno membuat ucapan Nawaksara di hadapan sesi MPRS, percubaan terakhir yang tidak berjaya untuk mempertahankan dirinya dan sistem demokrasi berpandukannya. Pada Ogos 1966, mengenai bantahan Sukarno, Indonesia menamatkan konfrontasi dengan Malaysia dan menyertai semula Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu. Setelah membuat ucapan akauntabiliti yang tidak berjaya (Nawaksara Addendum) pada 10 Januari 1967, Sukarno telah dilucutkan jawatan presiden oleh MPRS pada 12 Mac 1967, dalam sesi yang diketuai oleh bekas rakan sekerjanya, Nasution. Beliaubdimasukkan ke dalam tahanan rumah di Istana Bogor, di mana kesihatannya merosot kerana penafian rawatan perubatan yang mencukupi. Beliau meninggal dunia akibat kegagalan buah pinggang di Hospital Tentera Darat Jakarta pada 21 Jun 1970 pada usia 69 tahun. Beliau dikebumikan di Blitar, Jawa Timur, Indonesia.